Le principali specie più comuni appartenenti al Genere Capsicum sono:
- annuum. È la specie più coltivata al mondo e comprende sia i peperoni, frutti di grandi dimensioni di sapore dolce, che i peperoncini, piccoli frutti allungati piccantissimi (es. Peperoncino di Cayenna Italiano Dolce, Peperoncino rosso comune, jalapeno).
- baccatum. Tipico di Bolivia e Perù è di piccantezza media. Le piante di questa specie possono diventare molto alte (oltre i 200 cm), producono molti frutti e resistono bene alle malattie e agli sbalzi di temperatura. I frutti possono essere piccoli e arrotondati, oppure avere una forma a lanterna (es. cappello del vescovo, Aji pineapple, Heart drops).
- chinense. Appartengono a questa specie i peperoncini più piccanti in assoluto. Infatti nel 2006 la varietà Naga Jolokia è stata eletta la varietà di peperoncino più piccante al mondo (es. Habañero, Yellow Mushroom, Tears of Fire).
- frutescens. Subito dopo i chinense, sono i peperoncini più piccanti al mondo. Nelle zone mediterranee è difficile coltivare le piante del Capsicum frutescens perché crescono lentamente, la fioritura e la maturazione dei frutti sono tardive (es. Tabasco, Trifetti).
- Le piante di questa specie si differenziano nettamente dalle altre specie coltivate: infatti tutte le parti della pianta sono coperte da una leggera peluria, i fiori sono viola e i semi sono neri o marrone scuro e sono le più resistente al freddo (es. Rocoto de Seda, Canario).